Las Etapas que encuadran al pueblo de Atapuerca transcurren ente Agés y Villalval dentro del tramo de San Juan de Ortega - Burgos.

Agés - Atapuerca - 2.5 Km
Una recta y tranquila carretera une ambas localidades. A su paso encontraremos el pequeño puente, cuya construcción se atribuye a San Juan de Ortega, y antes de llegar a Atapuerca un menhir conmemora la famosa batalla entre los reinos de Castilla y Navarra.

Atapuerca - Villalval - 5.0 Km
Hay que superar la sierra de Atapuerca, que se encuentra a nuestra izquierda. Un fuerte ascenso nos llevará hasta lo más alto, desde donde se disfruta de unas vistas magníficas, incluso la ciudad de Burgos ya se puede apreciar en la lejanía. Merece la pena descansar un poco del esfuerzo realizado y recrearse con tan agradable paisaje. Villalval, que se encuentra en el fondo del valle, se alcanza tras el descenso.